Nació en París el 2 de junio de 1840. Su padre, Pierre François Munier, era un artista tapicero de la Manufacture Nationale des Gobelins, y su madre, Marie Louise Carpentier, era pulidora de cashmere en un molino de telas.
Munier en su taller Emile y su hermano mayor François Joseph, nacido en 1839, iban a la escuela comunal local. Su hermano menor, Florimond Louis, nació el 11 de septiembre de 1851. Por esos años la riqueza familiar había mejorado mucho, lo que permitió que todos los hermanos se matricularan en una buena escuela. Los tres compartían desde muy jóvenes un gran interés por la pintura, tanto que entre ellos se regalaron, cuando contaban entre 13 y 14 años, unos autorretratos. El de Emile está fechado en 1854.
Un sonriente Munier Emile Munier asistía a clases de dibujo, pintura, anatomía, prespectiva y química, pero siempre en relación con el teñido de lana, dirigiendo sus estudios hacia el arte de la tapicería para seguir los pasos de su padre. Clases de flores y ornamentos, de química, de ingeniería y de manufactura eran también complementos para seguir ese camino.
Durante ese periodo Emie conoció a Henriette Lucas, hija Abel Lucas, profesor suyo, y se casaron el 10 de agosto de 1861 en la capilla de Gobelins. Emile Munier era en aquel entonces un artista de la tapicería, sin embargo pintaba también al lado de su suegro pintura de corte académico. En la década de 1860, y gracias a los avances que fue cosechando en ese camino, Munier recibió tres medallas de las Bellas Artes, exponiendo en el Salón de Bellas Artes en el año 1869. Munier era un gran admirador de los académicos y seguidor de Bouguereau, a quien imitaba a la hora de crear sus propias obras.
El 28 de agosto de 1867 Henriette dio a luz a un niño al que llamaron Emile Henri. Aproximadamente diez semanas después del nacimiento de su hijo, Henriette contrajo reumatismo severo y murió prematuramente. En 1871 Munier abandonó su carrera en el Gobelins y se dedicó solamente a la pintura, actividad que completaba dando clases tres noches a la semana.
Emile pronto se volvió a casar con una joven profesora de pintura, Sargines Angrand-Campenon, célebre retratista, junto a quien montó un estudio en París, cerca de los estudios de Fantin-Latour y Corot. Por aquel tiempo, Emile entra en contacto por fin con Bouguereau, convirtiéndose en alumno suyo. Esta relación se entrechó tanto que logró ser muy amigo del artista que más admiraba.
En 1873 Munier pintó El ladrón de manzanas y La lección de tricot.
Fue cuando conoció al marchante de arte George A. Lucas, quien vendió gran parte de su obra durante los siguientes años. En 1874 pinta Mi gato favorito, vendido por una gran suma.
Durante sus vacaciones en Normandía en 1876, Munier pinta sin descanso escenas de barcas, pescadores, playas. En 1879 va a las Ardenas donde pinta el retrato de Madame de Chanzy, cuya familia había conocido poco antes, durante sus vacaciones en Normandía. Es en ese viaje cuando descubre la Escuela de Nancy y conoce a Emile Gallé, con quien colaborará poco después.
Sus dos hijos, Henri y Marie-Louise
son su principal fuente de inspiración cuando empieza la década de 1880. Pinta escenas sentimentales, temática que cultivará toda su vida. Marie-Louise es seguramente el modelo de El niño travieso, El niño y el muñeco
y La niña y la muñeca, todas de 1880.
En 1883 visita el lago de Bourget, donde Emile pintó con toda seguridad Niña en el lago y Niña con naranjas.
Durante su estancia en Aix conoce la ópera italiana, y a su vuelta a París comienza a frecuentar los teatros de la ópera. Se interesa por la música y el canto.
En el Salón de Bellas Artes presenta Tres amigos.
La obra muestra una niña jugando con su pequeño gato y su perro sobre la cama. Tuvo gran éxito, lo que hizo que se representara popularmente en multitud de soportes. En un tiempo en que los carteles de publicidad empezaban a llenar las calles, Tres amigos fue una de las imágenes más representadas.
Munier desarrolló un talento excepcional para mostrar escenas cercanas, muy expresivas y llenas de movimiento. Se interesó sobre todo en escenas de niños en la campiña.
Desde el año 1886 viaja a Auvergne, cuyo ambiente rural le inspira para estas obras plagadas de niños campesinos y animales de granja, tales como Las nuevas mascotas,
El joven cazador, El corral, La campesina con la horca, El día de las mermeladas,
En 1886 recupera la temática de los querubines, en la que había trabajado para pintar Los dos cupidos. El amor desarmado,
presentado ese año, demostraba que todavía recibía gran influencia de Bouguereau, tanto que los aficionados aún confunden la obra de ambos artistas.
En la década de los 90 empezó a pintar temas mitológicos y religiosos: cupidos, diosas, vírgenes.
Sigue enseñando en París. Su hijo se casa, y por ese tiempo presenta en el Salón de París su obra El espíritu de la caída de agua,
donde aparece una ninfa desnuda de gran sensualidad.
Animales entre flores y paisajes y jardines de Auvergne son temas en los que sigue insistiendo. En 1895 pinta La niña y La cesta de gatos
como conmemoración de su 55 cumpleaños y como regalo para el nacimiento de su nieto Georges. Fue su última pintura: murió tras una embolia la mañana siguiente de haberlo entregado.
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